ละคร "อัจฉริยะหมอ 2 แผ่นดิน (Doctor Stranger)" นำเสนอเรื่องราวของ "ปาร์ค ฮุน"  แพทย์ชายหนุ่มสุดอัจฉริยะชาวเกาหลีใต้ที่ถูกส่งไปเกาหลีเหนือพร้อมพ่อตั้งแต่ยังเด็กและมีเหตุให้ต้องปักหลักอยู่ตรงนั้น ระหว่างใช้ชีวิตที่เกาหลีเหนือเขาได้เรียนรู้วิชาด้านการแพทย์จาก "ปาร์ก ชอล" ผู้เป็นพ่อ ทั้งยังเคยผ่าตัดผู้คนมานับครั้งไม่ถ้วนจนเปลี่ยนเป็นแพทย์ผู้เชี่ยวชาญด้านศัลยกรรมหัวใจและทรวงอก หลังหลบหนีกลับมาที่เกาหลีใต้ เขาได้เข้าทำงานที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยมยองอู และได้พบแพทย์หญิงคนหนึ่งซึ่งมีใบหน้าละม้ายเหมือนคนรักชาวเกาหลีเหนือที่เขาเฝ้าตามหามานาน

ละครเปิดฉากขึ้นในปี ค.ศ. 1994 (พ.ศ. 2537) ที่เกาหลีใต้ ซึ่งเป็นตอนที่เกิดความตึงเครียดรอบๆคาบสมุทรเกาหลี หลังเกาหลีเหนือถอนตัวจากสนธิสัญญาไม่แพร่ขยายอาวุธปรมาณู และยังคงเดินหน้าสร้างเตาปฏิกรณ์ปรมาณูต่อไป ขณะที่ผู้นำเกาหลีเหนือ "คิม อิลซอง*" ไม่ปรากฏตัวในที่สาธารณะมานานนับสิบวัน

* คิม อิลซอง เป็นผู้นำคนแรกของเกาหลีเหนือ  อยู่ในอำนาจตรงเวลายาวนานถึงสี่สิบกว่าปี  ถึงแก่อสัญกรรมด้วยโรคหัวใจขาดเลือด ช่วงวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2537 ขณะอายุได้ 82 ปี 

เช้าวันนั้นเด็กชาย "ปาร์ค ฮุน" กำลังจะไปโรงเรียนตามธรรมดา ส่วน "ปาร์ค ชอล" พ่อของเขา (ซึ่งเป็นแพทย์ผู้เชี่ยวชาญด้านศัลยกรรมหัวใจและทรวงอกที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยมยองอู) กำลังจะเดินทางไปศาล หลังเป็นโจทย์ยื่นฟ้องโรงพยาบาลมยองอู แต่แล้วอยู่ๆ "จาง ซอกจู" จากสภาความมั่นคงแห่งชาติก็มาหาปาร์ค ชอลที่บ้าน และบอกว่าวันนี้ที่ศาลไม่มีการไต่สวนคดีทางการแพทย์ เพราะเขาโทรฯ ไปขอรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมให้เลื่อนการพิจารณาคดีออกไปก่อน โดยอ้างเหตุผล "เพื่อให้ความมั่นคงของชาติ"  

ปาร์ค ชอล สงสัยว่าการเปิดโปงความผิดพลาดทางการแพทย์เกี่ยวข้องอะไรกับความมั่นคงของชาติ จาง ซอกจู จึงชี้ว่าอีกไม่นานจะเกิดสงครามขึ้นบนคาบสมุทรเกาหลี  ตอนนี้เรือบรรทุกเรือบินพลังงานปรมาณู ยูเอสเอส จอร์จ วอชิงตันของสหรัฐอเมริกา พร้อมด้วยเรือรบหลายสิบลำ และเรือดำน้ำพลังงานปรมาณู ได้เคลื่อนทัพมาเตรียมถล่มโรงงานปรมาณูของเกาหลีเหนือ ซึ่งแน่ๆว่าเกาหลีเหนือจำเป็นจะต้องตอบโต้จนเกิดสงครามเต็มรูปแบบระหว่างเกาหลีเหนือและเกาหลีใต้  (สหรัฐมีฐานทัพอยู่ในเกาหลีใต้)  และคนที่จะยับยั้งสงครามในคราวนี้ได้ก็มีเพียง "ปาร์ค ชอล"  ดังนั้นเขาจึงควรเดินทางไปเกาหลีเหนือเพื่อให้ผ่าตัดหัวใจให้ผู้นำ "คิม อิลซอง" ซึ่งมีอาการหลอดเลือดหัวใจตีบ หากไม่ได้รับการผ่าตัดคิม อิลซองจะอยู่ได้ไม่ถึงหนึ่งเดือน ถ้าผู้นำเป็นอะไรไปเกาหลีเหนือจะปั่นป่วน และนั่นก็เป็นโอกาสทองของสหรัฐที่จะบุกเข้าโจมตี 

แม้จะรู้ว่าเป็นงานที่เสี่ยงแต่ปาร์ค ชอลไม่มีทางเลือก เขาจึงติดต่ออดีตเมียให้มารับฮุนไปดูแลแต่กลับถูกคุณปฏิเสธอย่างไม่ใยดี เขาจึงให้ฮุนไปพักที่บ้านหมอชเวชั่วคราว จากนั้นก็เดินทางไปรักษาคิม อิลซองที่เมืองเปียงยาง… จาง ซอกจู รายงานเรื่องการส่งแพทย์ไปรักษาผู้นำเกาหลีเหนือเพื่อให้ยับยั้งสงครามให้ที่ประชุมทราบโดยชี้ว่าเป็นวิธีที่ดีที่สุด เพราะถ้าหากโดนโจมตีเกาหลีเหนือควรต้องยิงถล่มฐานทัพสหรัฐในเกาหลีใต้เพื่อให้เป็นการตอบโต้ ถึงกระนั้นเป้าหมายที่แท้จริงของเกาหลีเหนือคือโรงงานปรมาณูของเกาหลีใต้  ถ้าโรงงานดังที่กล่าวผ่านมาแล้วระเบิดจะมีอานุภาพร้ายแรงกว่าตอนสหรัฐทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมาหลายหมื่นเท่า แถมที่ดิน 1 ใน 3 ของเกาหลีใต้จะไม่สามารถอยู่อาศัยได้ตรงเวลานานถึง 200 ปี

ขณะผ่าตัด หัวใจคิม อิลซองเกิดหยุดเต้น ปาร์ค ชอลจึงรีบทำซีพีอาร์ (กู้ชีพ) เจ้าหน้าที่เกาหลีเหนือบอกเชิงข่มขู่ว่าเขาต้องช่วยชีวิตคิม อิลซองให้ได้.. ปาร์ค ชอลถึงกับตกตะลึงเมื่อเห็นฮุนยืนอยู่ทางด้านนอกโดยมีปืนจ่อที่หัว (โดนลักพาตัวมา) แต่ฮุนกลับไม่รู้สึกหวาดกลัวทั้งยังพยักหน้าให้พ่ออย่างเชื่อมั่น เมื่อหัวใจคิม อิลซองกลับมาเต้นอีกรอบ ฮุนก็ยิ้มให้พ่ออย่างชื่นชม

หลังได้รับแจ้งข่าวร้ายว่ารัฐบาลสหรัฐอนุมัติให้ทัพของตนบุกโจมตีเกาหลีเหนือ จาง ซอกจู ก็บุกไปที่สถานทูตสหรัฐเพื่อให้ขอให้ระงับดำเนินการโจมตี พอไปถึงเขาก็ได้รับแจ้งข่าวดีว่าแผนโจมตีถูกยกเลิกแล้ว หลังจากนั้นก็มีรายงานข่าวว่า อดีตประธานาธิบดีจิมมี่ คาร์เตอร์ ซึ่งเดินทางไปเยือนเปียงยาง ได้รับคำมั่นจากนายคิม อิลซองว่าเกาหลีเหนือจะหยุดพัฒนาอาวุธปรมาณูชั่วคราว (ในรายงานข่าวปรากฏภาพฮุนและเด็กหญิงชาวเกาหลีเหนือคนหนึ่ง (แจฮี) เป็นตัวแทนมอบดอกไม้ให้จิมมี่ คาร์เตอร์ และภริยา) 

หลังจากวันนั้นฮุนก็ฝันอยากเป็นหมอเพื่อให้จะได้ช่วยชีวิตคนเหมือนพ่อ เขานึกถึงตอนที่พ่อเย็บแผลผ่าตัดให้คิม อิลซอง จึงถักด้ายสีแดงเลียนแบบวิธีเย็บแผลของพ่อ จากนั้นก็นำไปผูกข้อมือให้แจฮีเป็นที่ระลึกก่อนเดินทางกลับเกาหลีใต้ ระหว่างเดินทางกลับฮุนกับพ่อถูกทหารเกาหลีเหนือควบคุมตัวไปที่โรงนาร้างกลางทุ่ง จากนั้นก็มีทหารจำนวนหนึ่งเล็งปืนไปที่สองพ่อลูก

หลังสหรัฐล้มเลิกแผนโจมตีเกาหลีเหนือ จาง ซอกจู ก็แปลงเป็นฮีโร่ของชาติแต่เพียงคนเดียว  ระหว่างที่เขาปรากฏตัวต่อหน้าทัพสื่อมวลชน แม่ของฮุนก็ตะโกนถามว่าลูกชายตนอยู่ไหนเลยถูกคนของซอกจูลากตัวออกไป

ตัดไปที่เกาหลีเหนือ ปรากฏว่าเหล่าทหารที่เล็งปืนใส่สองพ่อลูกต่างพร้อมใจกันยิงปืนขึ้นฟ้า เจ้าหน้าที่ "ชา จินซู" บอกปาร์ค ชอลว่า เขาถูกเพื่อให้นร่วมชาติ (จาง ซอกจู) หักหลังและทอดทิ้ง  นับจากนี้ ศาสตราจารย์ ปาร์ค ชอล จากเกาหลีใต้ ได้ตายจากโลกนี้ไปแล้ว ต่อไปเขาและลูกควรต้องใช้ชีวิตที่นี่ในฐานะชาวเมืองของเกาหลีเหนือ (เจ้าหน้าที่จินซูเรียกเขาว่า "สหายปาร์ค ชอล")

หลายปีต่อมา เด็กชายฮุนเติบโตขึ้นเป็นชายชายหนุ่มรูปงาม (ฮุนเป็นหมอที่กำลังเรียนต่อเฉพาะทาง ส่วนพ่อของเขาเป็นอาจารย์แพทย์) เขาแอบนำเทป (คาสเซ็ตต์) ผี เพลง "เทลมี" ของวงวันเดอร์เกิร์ล มาขายให้นักศึกษาที่มหาวิทยาลัยและเต้นท่าเทลมีให้ดู โดยบอกว่าถ้าใครไปเกาหลีใต้แล้วไม่รู้จักเพลงนี้จำเป็นจะต้องถูกตราหน้าว่าเป็นสายลับแน่ๆ กิจการทำท่าว่าจะไปได้สวย แต่พอรู้ว่าผู้ตรวจการกำลังมาเหล่านักศึกษาก็พากันสลายตัว ฮุนแบกห่อเทปวิ่งหนีจ้าละหวั่นและจะตั้งมั่นว่าจะเข้าไปซ่อนตัวในโรงยิม  แต่ประตูกลับถูกล็อคจากด้านใน โชคดีที่สาวน้อยคนหนึ่งช่วยเปิดประตูแล้วพาฮุนเข้าไปหลบทางด้านใน และสาวน้อยคนนี้ก็คือ  "ซง แจฮี" คนรักของฮุนนั่นเอง (คุณยังคงสวมสร้อยช้อมือสีแดงที่ฮุนถักให้ตอนเด็กๆ) 

ปรากฏว่าฮุนลักลอบขายเทปเพลงเคป๊อปของเกาหลีใต้เพื่อให้เก็บเงินซื้อแหวน เขาคุกเข่าขอแจฮีแต่งงาน ทั้งๆ ที่รู้ว่าครอบครัวแจฮีไม่ค่อยปลื้มตนเองนัก ถึงกระนั้นเขายังคงเชื่อมั่นในโชคชะตา พอรู้ว่าพ่อแจฮีอยากพบตน ฮุนก็รู้สึกดีใจ เขาแต่งหล่อเตรียมออกไปพบว่าที่พ่อตาโดยลืมไปว่าเย็นนี้ต้องช่วยพ่อตรวจคนไข้ (ในฐานะแพทย์อาสา)  ปาร์ก ชอลบอกให้ฮุนใช้เข็มดูดของเหลวในเยื่อหุ้มหัวใจของผู้ป่วย แต่ฮุนกลัวทำพลาดจึงแย้งว่าตนพึ่งจะเรียนต่อสาขาวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์คลินิกได้เพียง 2 เดือน ปาร์ค ชอลรู้ว่าลูกชายมีความแม่นยำเรื่องกายวิภาค จึงแนะให้ฮุนใช้มือสัมผัสแล้วเชื่อมโยงความรู้สึกกับภาพอวัยวะที่ผุดขึ้นในสมอง ฮุนจึงหลับตาแล้วทำตามที่พ่อบอกจากนั้นก็ปักเข็มลงบนหน้าอกคนไข้ได้อย่างแม่นยำ หลังรักษาคนไข้ที่ต่อแถวรอยาวเหยียดจนเกือบครบ ปาร์ค ชอลก็นำช่อดอกไม้มาให้ฮุน (ให้ฮุนนำไปมอบให้แจฮี) แล้วบอกว่าตนจะรักษาคนไข้ที่เหลือเอง

ฮุนรีบปั่นจักรยานไปหาแจฮีที่บ้าน (แฟลต) แต่กลับพบว่าไม่มีใครอยู่  ประตูบ้านก็ไม่ได้ล็อค แถมข้าวของภายในบ้านยังถูกรื้อค้นกระจัดกระจาย เมื่อได้ยินเสียงแจฮีร้องเรียก เขาจึงรีบออกตามหาท่ามกลางสายฝน แจฮีวิ่งเผ่านากอดฮุนแล้วร่ำไห้ด้วยความหวาดกลัว เมื่อเห็นทหารเดินเผ่านาใกล้ แจฮีก็มองหน้าฮุนเป็นครั้งสุดท้ายแล้วจูบลา ก่อนถูกทหารลากตัวไป  ฮุนพยายามขัดขวางจึงถูกด้ามปืนตีที่ศีรษะจนล้มทรุดและหมดสติในที่สุด

ปรากฏว่าพ่อแจฮีโดนจับฐานก่ออาชญากรรมทางการเมือง ส่งผลให้คนในครอบครัวต้องพลอยรับโทษตามไปด้วย ปาร์ค ชอลรู้ว่าลูกชายตนต้องออกตามหาและหาทางช่วยแจฮีแน่ จึงเตือนฮุนว่าอย่าเข้าไปยุ่งเรื่องนี้ มิเช่นนั้นจะเดือดร้อนและแปลงเป็นผู้ต้องสงสัยไปอีกคน ฮุนไม่สนใจคำเตือนของพ่อและเดินจากไปทั้งยังบาดเจ็บ เมื่อเปิดประตูห้องเขาก็พบว่ามีทหารยืนอยู่ที่หน้าบ้าน หนึ่งในนั้นถามว่า เขาคือ "หมอปาร์ค ฮุน" ใช่ไหม

ฮุนถูกทหารคุมตัวไปที่ศูนย์วิจัยทางการแพทย์ (ในพระราชวังกึมซูซาน) ซึ่งตั้งขึ้นเพื่อให้ดูแลสุขภาพผู้นำคิม อิลซองโดยเฉพาะ คนที่เข้าไปแล้วจะไม่มีสิทธิกลับออกมา หากใครคิดหนีจะถูกยิงทันที ใครทำดีมีความชำนาญจะได้ทำหน้าที่หมอต่อไป แต่ถ้าใครทำได้ไม่ดีหรือบกพร่องต่อหน้าที่ก็จะแปลงเป็นหนูลองของหมอคนอื่นๆ

หลังผ่านไปนาน 5 ปี ฮุนแปลงเป็นหมออัจฉริยะด้านศัลยกรรมทรวงอกเช่นเดียวกับพ่อ (เขาต้องผ่าตัดผู้คนตามคำสั่งนับครั้งไม่ถ้วน รวมทั้งคนสุขภาพดีที่ถูกส่งมาเป็นหนูลอง และต้องผ่าตัดตอนไฟดับบ่อยครั้ง) ที่ผ่านมาฮุนมักออกไปสืบหาข่าวคราวของแจฮีตามสถานที่กักกันในตอนกลางคืนทั้งที่รู้ว่ามีโทษถึงตาย แต่แล้ววันหนึ่งโชคชะตากลับเล่นตลก เมื่อแจฮีและพ่อของคุณถูกส่งตัวมาเป็นหนูลองที่ศูนย์ฯ ฮุนได้รับคำสั่งให้นำอวัยวะของแจฮีไปเปลี่ยนให้พ่อของคุณทั้งๆ ที่คุณยังมีชีวิตอยู่ ซึ่งการผ่าตัดเปลี่ยนอวัยวะในคราวนี้จะมีหมอชาวต่างชาติ (ว่าที่สปอนเซอร์) มาร่วมสังเกตการณ์ด้วย

ฮุนรับไม่ได้ที่ต้องคร่าชีวิตคนๆ หนึ่ง เพื่อให้นำอวัยวะไป (ลอง) ช่วยชีวิตอีกคน แถมคนที่เขาต้องปลิดชีวิตคือผู้หญิงที่เขารักและเฝ้าตามหามาตลอด 5 ปี ในตอนนั้นแจฮีอยู่ในสภาพสะบักสะบอมและจำเป็นต้องได้รับการเปลี่ยนไต ฮุนจึงคิดที่จะนำไตของพ่อแจฮีมาเปลี่ยนให้กับแจฮีแทน (ก่อนหน้านี้พ่อแจฮีขอร้องให้ฮุนช่วยชีวิตแจฮีโดยไม่ต้องห่วงตน) ฮุนรู้ทั้งรู้ว่าถ้าทำเช่นนั้นพ่อของแจฮีจะเสียชีวิต เพราะพ่อแจฮีสุขภาพไม่สู้ดี ทั้งยังเหลือไตที่ใช้งานได้เพียงข้างเดียว แถมตัวฮุนเองก็จะมีความผิดที่ฝ่าฝืนคำสั่ง แต่เขาไม่อาจฆ่าคนรักด้วยน้ำมือตนเองได้

เจ้าหน้าที่ "ชา จินซู" เห็นฮุนเตรียมผ่าตัดเปลี่ยนอวัยวะให้นักโทษหญิง (แจฮี) แทนที่จะเป็นนักโทษชาย จึงรีบทักท้วง ฮุนอ้างว่าการผ่าตัดให้แจฮีจะแสดงทักษะและความชำนาญของตนได้ดียิ่งกว่า (เป็นการผ่าตัดโชว์ทักษะด้านการแพทย์ให้ฝรั่งดู หากผลงานเป็นที่พอใจจะได้รับเงินส่งเสริม) จินซูไม่พอใจที่ฮุนขัดคำสั่งจึงกวักมือเรียกลูกน้อง… ปาร์ค ชอลกลัวฮุนถูกลงโทษจึงรีบบอกว่าฝรั่งยินดีให้การเกื้อหนุนแต่มีเงื่อนไขหนึ่งข้อ คือ ทางศูนย์ฯ ต้องอนุญาตให้พวกเขาพาฮุนไปแสดงความชำนาญด้านการแพทย์บนเวทีระดับโลก

พอรู้ว่าจำเป็นที่จะต้องเดินทางไปยังเมืองบูดาเปสต์ ประเทศฮังการี ฮุนก็ปฏิเสธทันควันเพราะเป็นห่วงแจฮี หลังฮุนเข้าไปดูอาการของแจฮีแล้ว ไฟก็ดับทั้งตึก (ที่เกาหลีเหนือไฟดับบ่อย) คืนนั้นปาร์ค ชอลแอบเข้าไปพบฮุนในเขตหวงห้ามเพื่อให้หว่านล้อมให้ฮุนยอมเดินทางไปฮังการี (พ่อของฮุนคิดแผนและเตรียมลู่ทางหลบหนีเอาไว้ให้) ฮุนกลัวว่าจะมีใครมาเห็นเข้าจึงบอกให้พ่อรีบกลับไปก่อนไฟมา ปาร์ค ชอลบอกลูกว่านี่เป็นโอกาสเดียวและโอกาสสุดท้ายที่ฮุนจะหลบหนีไปจากที่นี่ได้ แต่ฮุนปฏิเสธเพราะไม่ต้องการทิ้งแจฮีไว้ที่นี่ ปาร์ค ชอลจึงบอกว่าแจฮีจะเดินทางไปฮังการีด้วย เขาอวยพรให้ฮุนครองรักกับแจฮีอย่างเป็นสุขและบอกว่าไม่ต้องเป็นห่วงตน แต่ฮุนไม่อาจทิ้งให้พ่ออยู่เกาหลีเหนือตามลำพังจึงไม่ยอมไป

ฮุนเดินไปส่งพ่อด้วยความเป็นห่วงและบอกให้พ่อหนีไปทางอุโมงค์ลับ พ่อบอกให้เขาลองคิดดูอีกทีและย้ำว่านี่เป็นโอกาสเดียวที่ฮุนจะหนีไปจากที่นี่ได้ ในตอนนี้ฮุนเป็นห่วงความปลอดภัยของพ่อมากกว่าจึงเร่งให้พ่อรีบกลับไปก่อนไฟมา แต่พ่อของเขากลับแสดงท่าทีอิดออดทั้งยังคว้าแขนฮุนเอาไว้อย่างอาลัยอาวรณ์ หลังส่งพ่อที่หน้าประตูแล้วฮุนก็เดินกลับเข้าในในอาคาร ทันใดนั้น เขาก็ได้ยินเสียงคนล็อคประตู หลังจากนั้นแสงไฟก็กลับมาสว่างไสวอีกรอบ ฮุนรู้ได้ทันทีว่าพ่อของตนกำลังตกอยู่ในอันตราย จึงรีบวิ่งกลับไปหาพ่อแต่ประตูถูกล็อคจากทางด้านนอก

ฮุนเห็นพ่อยืนสงบนิ่งอยู่กลางสนามโดยมีแสงไฟสปอร์ตไลท์สาดส่องจึงได้แต่ร้องเรียกพ่อ… ปาร์ก ชอลหันกลับมามองและยิ้มให้ฮุนเป็นครั้งสุดท้าย ฮุนถึงกับช็อคเมื่อเห็นพ่อถูกยิงเข้าที่กลางหลังต่อหน้าต่อตา หลังปลดล็อคประตูได้สำเร็จฮุนก็วิ่งฝ่าทหารเข้าไปกอดร่างพ่อ ก่อนตายปาร์ค ชอลขอให้ฮุนรับปากว่า จากนี้ไปต้องไม่ลืมว่าตัวเองเป็นหมอ วันรุ่งขึ้นฮุนและแจฮี (ซึ่งยังไม่ฟื้น) ถูกส่งตัวไปบูดาเปสต์ ประเทศฮังการีตามแผน โดยมีเจ้าหน้าที่จากเกาหลีเหนือคอยตามประกบทุกฝีก้าว

ฮุนพยายามทำทุกวิถีทางเพื่อให้พาแจฮีหนีไปลี้ภัยที่สถานทูตเกาหลีใต้ประจำกรุงบูดาเปสต์ แต่กลับถูกจาง ซอกจูขัดขวาง (ซอกจูไปกล่าวปาฐกถาที่บูดาเปสต์เลยรู้ว่าฮุนยื่นคำร้องขอลี้ภัยทางการเมือง – เขากำลังเตรียมชิงตำแหน่งประธานาธิบดีเลยกลัวว่าจะถูกฮุนเปิดโปงเรื่องราวในอดีต) แจฮีถูกเจ้าหน้าที่เกาหลีเหนือยิงและพลัดตกลงไปในแม่น้ำ (หลังพึ่งจะฟื้นจากผ่าตัดได้ไม่นาน) ส่วนฮุนโดนยิงที่ไหล่และถูกส่งกลับเกาหลีใต้ในที่สุด